L'intelligente e generoso Kubo riesce a sbarcare il lunario raccontando storie agli abitanti della sua città, tra i quali spiccano Hosato, Akihiro e Kameyo. Ma la sua vita relativamente tranquilla viene sconvolta quando Kubo, per errore, evoca uno spirito del suo passato, il quale si precipita giù sulla terra per adempiere alla sua secolare vendetta. In fuga, Kubo si allea con Monkey e Beetle, e parte per un emozionante viaggio per salvare la sua famiglia e risolvere il mistero che avvolge suo padre, il più grande guerriero samurai che il mondo abbia mai conosciuto. Con l'aiuto del suo shamisen — uno strumento musicale magico — Kubo dovrà affrontare dei e mostri, tra cui il vendicativo Moon King e le malvagie Sorelle gemelle, per poter svelare il segreto della sua eredità, riunirsi con la sua famiglia e compiere il suo eroico destino.